রাজ্যের প্রধান বিরোধী দল হওয়া সত্ত্বেও মালদায় বড় ধাক্কা খেয়েছে বিজেপি। ত্রিস্তর পঞ্চায়েত নির্বাচনে, বিজেপি 44 শতাংশ গ্রাম পঞ্চায়েত আসন এবং 28 শতাংশ পঞ্চায়েত সমিতি আসনের জন্য প্রার্থী দিতে ব্যর্থ হয়েছে। তবে, গেরুয়া শিবির জেলা পরিষদের ৪৩টি আসনেই প্রার্থী মনোনীত করেছে। এই জেলার দুটি লোকসভা আসনের মধ্যে একটি বিজেপির দখলে থাকলেও বেশ কয়েকজন বিধায়ক রয়েছেন। তারপরেও, পঞ্চায়েত নির্বাচনে প্রার্থী দিতে ব্যর্থ হওয়ায় দলের মধ্যে প্রশ্ন উঠেছে।

গেরুয়া শিবির উল্লেখ করেছেন যে শাসক দলের সন্ত্রাসের কারণেই তারা পঞ্চায়েত ও পঞ্চায়েত সমিতি স্তরে প্রার্থী মনোনয়ন করতে পারে না। যদিও, দলীয় শাসক জোরে দাবি করেছে যে বিজেপি এই প্রার্থীর পক্ষে প্রতিদ্বন্দ্বিতা করেনি। তৃণমূল জেলা প্রশাসনের দাবি, গেরুয়া শিবির উদ্দেশ্যপ্রণোদিতভাবে অনেক আসনে প্রার্থী দেয়নি। তৃণমূলকে হারাতে তারা বামপন্থী কংগ্রেসের সঙ্গে কাজ করেছিল।

গুরুত্বপূর্ণভাবে, জেলা পরিষদের 43 টি আসনের মধ্যে, সংখ্যালঘু সম্প্রদায়ের ছয়জন প্রার্থীকে বিজেপি মনোনীত করেছিল। গ্রাম পঞ্চায়েতের জন্য সংরক্ষিত ৩,২১৬টি আসনের মধ্যে ১,৪০৬টি অনির্বাচনযোগ্য ছিল। এছাড়াও, বিজেপিতে, 439টি পঞ্চায়েত সমিতি আসনের মধ্যে 122টি খালি রয়েছে। এই বিষয়ে মালদহ উত্তর ভারতীয় জনতা পার্টির সাংসদ খগেন মুর্মুর দাবি করেছেন যে তৃণমূল অনেক জায়গায় তৃণমূলের সহ-সভাপতি শুভময় বসু বিজেপি সাংসদদের দাবি উড়িয়ে দিয়ে বলেন, রাজ্যজুড়ে শান্তিপূর্ণভাবে মনোনয়ন পেশ হয়েছে। মালদহে কোন‌ও অশান্তি হয়নি। কিন্তু তৃণমূলকে হারাতে প্রার্থী না দিয়ে বাম-কংগ্রেসের সুবিধে করে দিতে চাইছে বিজেপি।